修习禅定进程中，也可能产生有损健康的负面生理变化，引发生理性的‘禅病’。
因心意渐趋寂定，身体自行调整，可能使身中潜在的疾病外化，或引发宿疾，如《释禅波罗蜜次第法门》卷六所言：‘或本四大有病，因今用心，心息鼓击，发动成病。’【《大正藏》卷四六，505b。】这种情况一般发生在禅修的初级阶段，未必是坏事，多会随禅定功夫的加深，不药而愈，也可以医药治愈，用禅定方法对治。
修习中不善调摄身心息，也可导致种种禅病，如坐姿不正确会导致脊柱和背部、腰腿等疼痛，调息不当可导致筋脉痉挛或枯瘠瘦弱，系缘、观想、用意不当会导致身中四大不调，表现为上火、身体沉重、头疼、胸闷、浮肿等疾病，此类病用医药治疗往往疗效不佳，最好用相应的禅定方法对治，《摩诃止观》、《禅门口诀》、《大乘要道密集》等禅籍中列举有多种自我调整治疗禅病的方法。
修定过程中若受到外界的声响、噪音等惊动，或受人事方面的迫害、毁谤、辱骂等刺激，或生活中心理负担过重，因而恼怒、惊恐、忧虑，也可能引发气满、腹胀、便血、肺胀、便秘、呕吐、消化不良等心身性的禅病，此类病也宜于用禅定调和身心息的方法治疗。
对各种禅病，应善知病因，及时对治，‘如此等病，初得即治，甚易得差。若经久则病成，身羸病结，治之难愈’【《修习止观坐禅法要》卷一，《大正藏》卷四六，471c。】。
一心修定，尤其是以正见修观，是治疗各种禅病的灵药。《天台智者大师禅门口诀》卷一云：‘但系心在境(修定所缘境)，不令他缘，病自差耳。’【《大正藏》卷四六，581c。】《释禅波罗蜜多次第法门》卷四云：‘般若一观，能治五病。’【同上书，504c。】 | 
